Im Zuge der Wiedervereinigung fand 1990 die Privatisierung des bis dahin staatlichen Betriebs und die Umwandlung in eine GmbH statt. Mit der Hofmark Brauerei übernahm wie bereits 1877 eine bayerische Kaufmannsfamilie das Unternehmen. Die Produktion wurde gesenkt, die Belegschaft reduziert. Im Laufe der Jahre wurde ein Teil der Produktion nach Chemnitz verlegt, von wo das Bier nach Köpenick transportiert wurde.
2010 wurde die älteste Brauerei Berlins endgültig geschlossen. Die Radeberger-Gruppe kaufte Markenrechte und Rezepte, bei den bisherigen Eigentümern blieben die die Exportrechte. Bis heute wird Berliner Bürgerbräu Pils und Rotkehlchen bei Radeberger in Hohenschönhausen produziert, wo auch Schultheiß, Berliner Pilsener und Rex Pils gebraut werden.
Durch den langen Leerstand wurden große Teile der Gebäude in den letzten 12 Jahre in ihrer Substanz deutlich geschädigt. Die Stahlkonstruktionen sind korrodiert, die Dächer teilweise undicht und die gesamte Liegenschaft nicht mehr beheizbar. Teilweise drückt das Wasser der Müggelspree im Kellerbereich und schädigt die Fundamente. Im Jahr 2018 wurden die Gebäude vollständig entrümpelt.