Nach dem Wiederaufbau und der erfolgreichen Expansion mussten die gemeinschaftlichen Eigentümer unter der nationalsozialistischen Diktatur die Zerschlagung ihrer Genossenschaft hinnehmen. Die „Berliner Bürgerbräu AG“ wurde zum nationalsozialistischen Musterbetrieb und bekam das „Gaudiplom für hervorragende Leistungen“ verliehen. Die Brauerei war der erste Betrieb in Friedrichshagen, in dem eine NSDAP-Betriebszelle gegründet wurde.
Die Linientreue der neuen Betreiber äußerte sich zudem in der Kündigung jüdischer Mieter in einem der brauereieigenen Wohnhäuser. Während das Müggelschlößchen in den Gefechten des Zweiten Weltkrieges fast vollständig zerstört wurde, überlebte der Rest der Brauerei ohne große Schäden. Vielmehr setzte der Wegfall von Arbeitskräften dem Geschäft zu.